Nach der Rückkehr aus dem Ersten Weltkrieg tritt Ernst Lemmer 1918 in die Deutsche Demokratische Partei (DDP) ein und wird in Remscheid in einen Soldatenrat gewählt. Während des Studiums der Geschichtswissenschaft und der Nationalökonomie bleibt er politisch aktiv bei den Jungdemokraten, deren Reichsvorsitzender er 1923 wird. Zudem engagiert er sich im Deutschen Demokratischen Studentenbund. Bereits mit 23 Jahren ist er außerdem Generalsekretär des liberalen Gewerkschaftsrings der Arbeiter-, Angestellten- und Beamtenverbände.

Ernst Lemmer gehört zu den frühen Mitgliedern des Reichsbanners und wird später stellvertretender Bundesvorsitzender. Im Verband wird er auch als wichtigster Vertreter der Jungdemokraten wahrgenommen. Er unterstützt die Arbeit des Reichsbanners unter anderem durch Artikel in Verbandszeitungen. 1931 ruft er dazu auf, die Republik mit allen Mitteln zu verteidigen und warnt vor dem Abgleiten des Landes in einen Bürgerkrieg. Im Gegensatz zu anderen Vertretern aus der liberalen Gewerkschaftsbewegung unterstützt Lemmer 1931 die Gründung des Abwehrbündnisses Eiserne Front.

Nach der Machtübernahme der Nationalsozialisten 1933 arbeitet Ernst Lemmer als Journalist. Da ihm die Tätigkeit für deutsche Zeitungen aus politischen Gründen verboten wird, schreibt er unter anderem als Korrespondent für die „Neue Zürcher Zeitung“. Nach dem Zweiten Weltkrieg beteiligt er sich am Aufbau der CDU, für die er 1952 in den Bundestag gewählt wird. Bis 1965 übernimmt Lemmer mehrere Ministerposten.